阴阳师神秘妖怪只给出了线索和事件描述，需要玩家自行去猜关卡。本篇带来神秘妖怪线索对应的名字还有关卡出处介绍。
线索 妖怪 关卡副本
单眼/石锤/怪力
山童 第8/16章、御魂1/7
黑镰/短刀 鬼使黑 妖气封印、第16章、御魂4
单眼/石菩萨、金刚经 独眼小僧 第11章、御魂1/5
鬼火/角 财富/幸运 座敷童子 第2章、御魂3/6
花/舞 桃花妖 第8章、御魂3
翅膀、羽衣、幼女 童女 第12章、御魂4
渔夫、海、胡须、杖 海坊主 妖气封印、御魂3
纸扇、书生、面具 妖狐 御魂2、第7章
鼓、单眼 天邪鬼黄 第3章
人偶、操纵 傀儡师 第10章、御魂5
锤子、钉耙、剑 镰鼬 御魂5
铃铛、噩梦 食梦貘 第14章、御魂4
青皮肤、风筝 天邪鬼青 第9章
石、青苔 凃壁 第14章
水流、河流、荷泽 河童 第14章、御魂4
蒲公英、治疗 萤草 结界突破、剧情17挑战
杖妖艳/红尾 三尾狐 第6章困难、御魂1
刀、翅膀 鸦天狗 御魂6、剧情12章
二筒、瓷器 青蛙瓷器 御魂4、剧情4
手鼓、小妖精 蝴蝶精 御魂3、剧情6章
汤碗、琴 孟婆 第9章、御魂5
剑雀、屋 犬神 御魂4
贝壳、扇子、尾巴 椒图 妖气封印
云、鬼面、冥界 阎魔 御魂6
大翅膀、风、扇 大天狗 御魂4
翅膀、雨衣、献祭 童男 御魂4
剑、坚甲、石化 兵佣 第3章、第12章
稻草人、咒锥 丑时之女 御魂5层、第10章
冥界、白、夺命 鬼使白 御魂4层、第16章
红鬼、拍屁股 天邪鬼赤 第4章、第5章等
泪珠、雨、伞 雨女 第4章、御魂6层
稻草人、咒锥 丑时之女 第10章
血、蝙蝠 吸血姬 御魂2层
蜡烛、棺材 跳跳哥哥 御魂5层、妖气封印
xxxx 跳跳妹妹 第12章
水泡/尾巴 鲤鱼精 第7章