主条目：俄羅斯征服西伯利亞
這裡早在1652年開始有俄罗斯人在此定居殖民，当时漢語名稱此地為厄爾口城[5]，居民主要從事貿易，與西伯利亞土著作毛皮交易为主。其時俄國政府已於當地設辦事處負責收取毛皮稅。1686年，獲官方升格為都市。其時本市亦開始與中國人進行交易，以木材、毛皮以換取中國之絲綢、茶葉。由于俄罗斯帝国在17-18世纪仍在对远东进行扩张，这座城市成为了军事化堡垒和殖民据点，很多向雅库茨克和海参崴方向去的俄罗斯殖民者和贸易商在此落脚。
19世纪中期后，俄罗斯从清朝手中夺取海参崴，为了建立太平洋沿岸的大型港口并继续对亚洲东部进行扩张，俄罗斯帝国修建了西伯利亚铁路，伊尔库茨克成为了铁路沿线的一个重要中转站并得到了大量的人口和工业。到1900年，本市贏得「西伯利亞巴黎」的綽號。
十月革命後俄羅斯內戰爆發，伊爾庫茨成為許多激烈衝突的場所。1920年，最大的反布爾什維克部隊指揮官亞歷山大·高爾查克在伊爾庫茨克被處決，有效摧毀了反布爾什維克抵抗運動。
在蘇聯時代，伊爾庫茨克被蘇聯規劃為工業城市。其中1950年伊爾庫茨克水庫建成於安加拉河上，為該市工業化里程碑。出于对中国的防范，1959年中苏交恶后苏联在此地建立了大量军工企业以便供应驻扎在中苏边境和中蒙边境的大量军队，伊尔库茨克的工业尤其是重工业发展迅速。
1970年，中国重要领导人林彪，曾考虑潜逃至伊爾庫茨克，但半路坠毁未果。
1991年苏联解体后，俄罗斯经济急剧萎缩，远东依靠国家财政扶持补贴的工矿业企业和城市都迅速衰落，伊尔库茨克也不例外。由于国有工矿企业大批倒闭，以及国家不再分配工作岗位，大量失业人口开始向人口密度更大、经济发展程度更高、生活环境更好的俄罗斯欧洲部分迁移，伊尔库茨克人口增长开始停滞。近年来由于俄罗斯重新对远东的矿产进行开发，以及附近地区农业和林业的扩张，伊尔库茨克的经济有所起色。